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【熱點(diǎn)應(yīng)用】看GCI 技術(shù)如何攻克小分子藥物實(shí)驗(yàn)難題

更新時(shí)間:2024-03-29       點(diǎn)擊次數(shù):667


本文由馬爾文帕納科醫(yī)藥行業(yè)應(yīng)用專家秦怡供稿




本文摘要                                    

計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)技術(shù)大幅提高了小分子藥物開發(fā)的效率和精準(zhǔn)性,但設(shè)計(jì)出的新藥仍需實(shí)驗(yàn)技術(shù)的最終確認(rèn)。本文介紹了基于表面的非標(biāo)記分子互作GCI技術(shù)精確無誤的捕捉藥物與靶點(diǎn)的結(jié)合,為新藥實(shí)驗(yàn)確認(rèn)環(huán)節(jié)提供精準(zhǔn)且可靠的數(shù)據(jù)。


                               

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小分子藥物研發(fā)是一場科學(xué)接力賽,從靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)到化合物篩選和結(jié)構(gòu)優(yōu)化,再到臨床試驗(yàn),每一步都充滿挑戰(zhàn)。隨著人工智能技術(shù)的不斷發(fā)展,計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)為科學(xué)家插上一雙翅膀,助力科學(xué)家跑贏這場激烈地接力賽??茖W(xué)家們借助分子動(dòng)力學(xué)模擬、虛擬篩選等技術(shù)可以更加全面地了解藥物分子與靶點(diǎn)蛋白的結(jié)合模式,從數(shù)以萬計(jì)的化合物庫中迅速鎖定最有潛力的候選物,高效、精準(zhǔn)地設(shè)計(jì)出真正有效、安全的藥物。            


           

雖然計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)技術(shù)大幅提高了小分子藥物開發(fā)的效率和精準(zhǔn)性,但設(shè)計(jì)出的新藥仍需實(shí)驗(yàn)技術(shù)的最終確認(rèn)。


           

光柵耦合干涉技術(shù)(Grating-coupled interferometry, GCI)是一種基于表面的非標(biāo)記分子互作技術(shù),3 mm超長檢測區(qū)域賦予了GCI技術(shù)超高的靈敏度,即使是低偶聯(lián)、低活性及大分子量配體的測試也能獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù);雙重進(jìn)樣口的設(shè)計(jì)將切換速度提升至150 ms,可敏銳捕捉解離速率為10 s-1的瞬態(tài)反應(yīng)。正是這種切換速度與靈敏度,使GCI技術(shù)成為小分子藥物與靶點(diǎn)結(jié)合確認(rèn)環(huán)節(jié)的黃金拍檔,確保每一次的結(jié)合都能被精確無誤地捕捉和驗(yàn)證。

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應(yīng)用實(shí)例:            

GCI技術(shù)推動(dòng)轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌藥物發(fā)現(xiàn)            


   

轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌 (mCRC) 是導(dǎo)致癌癥相關(guān)死亡的主要原因之一,但目前仍缺乏有效的治療藥物。巖藻糖基轉(zhuǎn)移酶8(FUT8)在結(jié)直腸癌在內(nèi)的大多數(shù)惡性癌癥中過表達(dá),為潛在的治療靶點(diǎn)。


   

2023年8月3日,蘇州大學(xué)汪維鵬教授和李環(huán)球副教授團(tuán)隊(duì)在Cell Death Disease上發(fā)表題為 “FDW028, a novel FUT8 inhibitor, impels lysosomal proteolysis of B7-H3 via chaperone-mediated autophagy pathway and exhibits potent efficacy against metastatic colorectal cancer" 的研究性文章,該研究開發(fā)了一種強(qiáng)效且具有高度選擇性的小分子 FUT8 抑制劑 FDW028,該抑制劑能顯著抑制FUT8介導(dǎo)的核心巖藻糖修飾,促進(jìn)免疫檢查點(diǎn)分子B7-H3經(jīng)分子伴侶介導(dǎo)的自噬(CMA)溶酶體途徑降解,顯著延長轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mCRC)小鼠生存期。

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圖1 FDW028 藥理作用機(jī)理


   

目前,通過常規(guī)策略開發(fā)的小分子抑制劑,面臨生物利用度低、選擇性差等問題。因此,研究者借助分子動(dòng)力學(xué)(MD)模擬、虛擬篩選等技術(shù),解開了FUT8 與小分子結(jié)合的關(guān)鍵殘基,鑒定出FDW028有望成為FUT8 的新型抑制劑。最終,研究者利用小分子開發(fā)黃金搭檔——GCI,將FUT8通過氨基偶聯(lián)于PCP芯片表面,F(xiàn)DW028以1:2進(jìn)行稀釋流過芯片表面(8個(gè)濃度,最高濃度為100 μM),運(yùn)行緩沖液為含3%DMSO的PBS-P緩沖液。通過Kinetics測定出FDW028和FUT8親和力為5.486 μM,證實(shí)了 FDW028 與 FUT8 的結(jié)合,進(jìn)一步驗(yàn)證了FDW028作為酶抑制劑的可行性,為后續(xù)動(dòng)物實(shí)驗(yàn)抗腫瘤活性的評(píng)估奠定堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。

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圖2 FUT8和FDW028結(jié)合動(dòng)力學(xué)


   

GCI技術(shù)讓小分子無處可藏            


   

在小分子結(jié)合實(shí)驗(yàn)中,特別是在分析大分子量藥物靶標(biāo)與小分子之間的相互作用時(shí),靈敏度是實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)分析的核心要素。


   

傳統(tǒng)技術(shù)面對(duì)懸殊較大的分子互作分析時(shí),往往需通過提升表面配體的密度來實(shí)現(xiàn)Rmax(最大響應(yīng)值)的優(yōu)化,以確保結(jié)果的可靠性。然而,高分辨率的GCI技術(shù)可以精準(zhǔn)捕獲較低配體密度下的動(dòng)力學(xué)數(shù)據(jù),為研究分子間相互作用提供了新的視角和更寬的動(dòng)態(tài)范圍。


基于GCI技術(shù)我們分析了一對(duì)分子量為297 Da的小分子與分子量為110 kDa的目標(biāo)蛋白(由諾華公司提供),分子量比率>350:1,這對(duì)于傳統(tǒng)的無標(biāo)記互作技術(shù)來說是一個(gè)巨大挑戰(zhàn)。將生物素化的目標(biāo)蛋白偶聯(lián)在PCH-STA芯片表面(表面衍生鏈霉親和素),分析物進(jìn)行1:3稀釋(9個(gè)濃度,最高濃度為10 μM),運(yùn)行緩沖液為20 mM Hepes、300 mM NaCl、1 mM DTT、2%DMSO,最終通過校正及擬合以獲得結(jié)合動(dòng)力學(xué)相關(guān)信息。


   

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圖3 297 Da小分子與110 kDa的目標(biāo)蛋白的結(jié)合動(dòng)力學(xué)


   

借助GCI技術(shù)的靈敏度和信噪比,即使在配體密度遠(yuǎn)未達(dá)到表面飽和的情況下(<1 pg/mm2,相當(dāng)于1 RU),也能對(duì)分子量相差懸殊的相互作用進(jìn)行可靠測試。這使我們能夠獲取具有清晰的濃度依賴性和高信噪比的優(yōu)質(zhì)數(shù)據(jù)。


   

GCI技術(shù)攻克小分子結(jié)合實(shí)驗(yàn)難點(diǎn)            


   


                               

小分子結(jié)合實(shí)驗(yàn)難點(diǎn)                                        


                               

GCI技術(shù)優(yōu)勢應(yīng)對(duì)
                                       

小分子的分子量極小,測試儀器需要具備高靈敏度

3 mm超長檢測區(qū)域帶來的檢測靈敏度,檢測分子量無下限

小分子的解離速率快,測試儀器需具有快速捕捉解離過程的能力

150 ms液流切換速度,捕獲高達(dá)10 s-1解離速率

小分子的溶解性較差,需要DMSO助溶

可耐受高濃度DMSO,waveRAPID全新動(dòng)力學(xué)無需溶劑校正,輕松排除DMSO干擾


   

參考文獻(xiàn):    

[1] Wang, M., Zhang, Z., Chen, M. et al. FDW028, a novel FUT8 inhibitor, impels lysosomal proteolysis of B7-H3 via chaperone-mediated autophagy pathway and exhibits potent efficacy against metastatic colorectal cancer. Cell Death Dis 14, 495 (2023). 

[2] Creoptix TechNote08 Large Drug Targets.    



   


   




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